五隻免費初始寶可夢
剛開始玩不需要扭蛋。有五隻寶可夢是免費的，其中三隻只要在經典模式裡推進就能解鎖：
| 寶可夢 | 屬性 | 獲得方式 | 子彈效果 |
|---|---|---|---|
| 皮卡丘 | 電 | 一開始就能用 | 閃電在附近敵人之間連鎖 |
| 小火龍 | 火 | 一開始就能用 | 可以灼傷敵人 |
| 傑尼龜 | 水 | 打敗月見山頭目（第 2 層） | 擊退敵人 |
| 妙蛙種子 | 草 | 打敗寶可夢塔頭目（第 3 層） | 子彈穿透敵人 |
| 伊布 | 一般 | 打敗超夢（第 5 層） | 普通子彈，沒有屬性效果 |
兩隻開局就有的初始寶可夢的基礎能力值（來自遊戲內圖鑑）：
| 寶可夢 | 血量 | 傷害 | 射速 | 速度 | 幸運 |
|---|---|---|---|---|---|
| 皮卡丘 | 3 | 3.5 | 4.3/秒 | 4.2 | 1 |
| 小火龍 | 3 | 4.2 | 3.5/秒 | 3.9 | 0 |
先用哪隻？ 皮卡丘的連鎖閃電最適合敵人扎堆的房間，小火龍的灼傷則對頭目和滿是蟲系的第一層很有用。兩隻都有之後可以一起帶：電和火搭配，前期大部分敵人都至少能打出正常傷害。
三人隊伍如何運作
一局最多帶三隻寶可夢，用 1、2、3 切換。戰鬥外切換沒有限制；戰鬥中被換下的寶可夢要休息 8 秒才能再上場。
- 血量和道具共享。 每一顆心、每一件道具都屬於整個隊伍。
- 屬性、能力值和子彈效果會隨著切換的寶可夢改變。
- 屬性剋制是雙向的。 你的子彈對弱點屬性的敵人造成 ×1.5 傷害，而剋制你當前屬性的敵人也會打得你更疼。
所以組隊思路很簡單：選三隻屬效能互相彌補弱點的寶可夢，每層和每個頭目切換到合適的那隻。剋制關係見屬性剋制表，每層會出現什麼屬性的敵人見樓層攻略。
等級與進化
寶可夢在一局裡靠打倒敵人升級，頭目給的經驗多得多。替補隊員拿 35% 的經驗（有學習裝置時 70%）。
- 每升一級傷害 +0.8%、射速 +0.4%、速度 +0.2%，並回復半顆心。
- 進化在 14 級和 32 級自動發生，只有兩段進化的寶可夢在 20 級進化。神奇糖果和進化石也能讓寶可夢進化。
- 等級上限是 60。一局結束後等級清零。
- 閃光寶可夢的能力值比普通形態更高。
能力值
每隻寶可夢都有自己的一組能力值，對局中按 Tab 開啟能力值介面就能看到：
| 能力值 | 作用 |
|---|---|
| 血量 | 初始心數 |
| 傷害 | 每發子彈的傷害 |
| 射速 | 每秒射出的子彈數 |
| DPS | 傷害 × 每秒子彈數，比較寶可夢強弱最好用的單一數字 |
| 射程 | 子彈飛多遠 |
| 速度 | 移動速度 |
| 幸運 | 掉落更好，且高等級道具更早出現（每點提前兩層） |
道具會在整局裡改變這些能力值，所以基礎傷害低的寶可夢只要道具對路，照樣能帶飛一局。
稀有度與地區
每隻寶可夢都有稀有度：普通（Common）、稀有（Rare）、史詩（Epic）或傳說（Legendary），並屬於某個地區。地區決定它出現在哪個扭蛋卡池，稀有度決定抽到它的難度。閃光寶可夢是同一只寶可夢的稀有變種。
超級寶可夢（共 37 只）單獨成組。它們的卡池要在第 30 層打敗鎧甲超夢後才會開放，而且用的是超級券（Mega Ticket）而不是代幣。見解鎖與扭蛋。
PokéIsaac 的初始寶可夢有哪些？
皮卡丘和小火龍一開始就能用。打敗月見山（第 2 層）的頭目解鎖傑尼龜，打敗寶可夢塔（第 3 層）的頭目解鎖妙蛙種子，打敗超夢（第 5 層）解鎖伊布。
PokéIsaac 有多少隻寶可夢？
開發者的釋出帖寫的是 971 只寶可夢加 37 只超級寶可夢，合計 1008 種可用形態。此外還有閃光版本。
怎麼獲得更多寶可夢？
除了五隻初始寶可夢，其餘都來自扭蛋。每個地區都有自己的卡池，用登入帳號遊玩賺到的代幣抽取。詳見解鎖與扭蛋攻略。
隊伍裡的三隻寶可夢血量分開算嗎？
不分開。整個隊伍共用一條血量和一套道具。切換隻改變屬性、能力值和子彈效果，不影響血量。